Məlumat

SPM -də analiz üçün istifadə olunan şəkilləri FreeSurfer -ə necə idxal etmək olar

SPM -də analiz üçün istifadə olunan şəkilləri FreeSurfer -ə necə idxal etmək olar

FreeSurfer öz statistikasını yarı avtomatik yaratmaq üçün recon-all əmrindən istifadə edir. Bu alət nümunələr üçün şəkilləri olan faylların təşkil edilməli olduğu müəyyən bir kataloq strukturunu nəzərdə tutur. FreeSurfer dərsliyində bu xüsusi kataloq strukturunu FSFAST strukturu adlandırırlar.

SPM-də əvvəllər üzərində işləmiş şəkilləri təhlil etməliyəm və o, xəstələr üçün aşağıdakı kataloq strukturuna malikdir:

/təcrübə/xəstələr/A.o/

və nəzarət üçün:

/experiment/controls/A.o/

Hər bir kataloqda iki fərqli vaxtda əldə edilmiş hər bir müşahidə üçün .hdr, .img, .mat və .mask faylları var. Beləliklə, faylların adlandırılması aşağıdakı ardıcıllığa malikdir:

təcrübə_mövzusayı_zaman1.img

və ikinci satınalma üçün deyilir:

təcrübə_mövzusayı_zaman2.img

Yuxarıda göstərilən bütün uzantılarla eynidir (hdr, mat, maska).

Belə görünür ki, FreeSurfer iş prosesində unpacksdcmdir əmri nii və dicon tiplərindən məlumatları çıxarmaq və onları FSFAST strukturunda təşkil etmək üçün istifadə olunur. Məndə olduğu kimi kataloq strukturlarında istifadə edilə bilərmi?


Bu sualla bağlı FreeSurfer poçt siyahısında kömək tapdım. Cavab budur ki, struktur təhlili üçün xüsusi kataloq strukturunda recon-all əmrini işə salmağa ehtiyac yoxdur.

Sadəcə qaçmaq məsələsidir

recon -all -s SUBJECTNAME -tüm -i IMAGE.IMG

Qeyd edək ki, mən indi istifadə etdiyim img faylını qidalandırıram, lakin proqram təminatının yaradıcıları DICON fayl növünün istifadəsini təklif edirlər.


Dərsliklər - Qdec Qrup Təhlili

Bu təlimat, əvvəlki dərslikdə olduğu kimi eyni qrup təhlili ilə məşğul olacaq, ancaq FreeSurfer-in QUI əsaslı bir proqramı olan QDEC-dən istifadə edir.

  • Rəsmi olaraq təşkil olunan kurslardan birini alırsınızsa,
    Dərslik məlumatları sizə təqdim edilmiş kompüterdə artıq quraşdırılmışdır
    ona görə də lütfən irəliyə keçin Başlanır bölmə. Əgər yoxsa, bu məşqi yerinə yetirmək üçün təlimat məlumatlarını endirdiyinizə əmin olun
    başlamazdan əvvəl təyin edin. Məlumatları yükləməməyi seçsəniz, sizi təyin edər
    öz məlumatlarınızla bağlı bu təlimatlara əməl edə bilərsiniz, lakin siz məcbur olacaqsınız
    öz xüsusi yollarınızı və mövzu adlarınızı əvəz edin.

Standart anatomiyadan istifadə

Yeni mövzu yaratarkən " seçimini edinBəli, protokolun standart anatomiyasından istifadə edin". Bu, mövzu anatomiyası qovluğunun məzmununun mətnlə əvəz edilməsinə səbəb olur Defolt anatomiya. Beyin fırtınası prosesi və ya ekran funksiyası bu mövzu üçün standart MRT və ya səthləri tələb etdikdə, faylları Defolt anatomiya qaytarılır.

Varsayılan olaraq, bütün yeni protokollar standart anatomiya kimi Brainstorm ilə paylanmış ICBM152 MNI şablonunun sadələşdirilmiş versiyasını istifadə edir (brainstorm3/defaults/anatomy/ICBM152). Protokol yaratarkən, Brainstorm FreeSurfer 6 ilə işlənmiş ICBM152 anatomiyasının surətini çıxarır və onu protokol üçün defolt olaraq təyin edir. Bu şablon beyin fərdi MRT-si olmayan subyektlər üçün əvəzedici kimi və ya qrup analizi üçün ümumi beyin kimi istifadə olunur.

Defolt etibarnamələri dəyişdirin

Səsyazmalarınızda istifadə olunan etibarlı nöqtələr (Nasion, LPA, RPA) Brainstorm-da anatomiya şablonlarında istifadə olunanlarla eyni olmaya bilər. Varsayılan olaraq, LPA/RPA nöqtələri, koordinatlar sistemləri səhifəsindəki qırmızı nöqtə ilə təmsil olunduğu kimi, tragus və sarmal arasındakı qovşağda təyin olunur.

Standart anatomiyanın dəyişdirilməsi

Avtomatik yükləmə işləmirsə, siz şablonları Yükləmə səhifəsindən əl ilə endirə və .zip fayllarını birbaşa $HOME/.brainstorm/templates qovluğuna köçürə bilərsiniz.


SPM-də analiz üçün istifadə olunan şəkilləri FreeSurfer - Psixologiyaya necə idxal etmək olar

Tək bir ROI yaratmaq üçün fslmaths, 3dcalc və ya Marsbar kimi bir vasitədən istifadə etdikdən sonra, eyni vasitələrdən istifadə edərək bu ROI -lərdən bir neçəsini birləşdirə bilərsiniz. Bu, məsələn, bir neçə fərqli sahəni əhatə edən daha böyük miqyaslı maskalar yaratarkən faydalı ola bilər.

Hər bir halda, ROI-ləri birləşdirmək sadəcə olaraq, FallDown kimi əsəbiləşdirici, lakin asılılıq yaradan oyunları çıxmaqla, köhnə yaxşı günlərdəki TI-83-ünüzü hesab edən kalkulyatora bənzər bir alətdən istifadə edərək yeni şəkillər yaratmaq məsələsidir. (Şəxsi qeyd: 1083.) Fslmaths ilə bir neçə fərqli ROI-ni birləşdirmək üçün -add bayrağından istifadə edin, məsələn:

fslmaths roi1 -roi2 əlavə et -roi3 çıxış faylını əlavə et

3dcalc -a roi1 -b roi2 -c roi3 -expr '(a+b+c)' -prefiks çıxış faylı

Aşağıdakı videoda göstərildiyi kimi GUI -dən bunu edə biləcəyiniz üçün Marsbar ilə bir az daha çox məşğul olursunuz, həm də daha asandır.


İstifadəçi adını qeydiyyatdan keçirə bilməyən xəbərdar oxucu Anonymous-a çox təşəkkür edirəm bir dəfə FallDown-da 1362 bal topladı. İndi etməli olduğunuz tək şey uzanıb körpə izdihamı gözləməkdir!

13 şərh:

Andy! Sən idarə et! Şərhimə cavab verdiyiniz üçün (bəli, mən orijinal Anonam) və bu gözəl məlumatı təqdim etdiyiniz üçün təşəkkür edirəm. Yeri gəlmişkən, mənim əsl adım V.S. Ramachandran. Sadəcə zarafat.

Çox doğru sözlər zarafatla deyilib

Ümid edirdim ki, FreeSurfer ROI-lərini (etiketləri) SPM8-ə idxal etməklə bağlı bəzi məsələlərdə mənə kömək edə biləcəksiniz. Sizcə vaxtınız olacaqmı?

Freesurfer-in SPM ilə interfeysini əldə etmək təcrübəm yoxdur, lakin deyə bilərəm ki, onlarla edə biləcəyiniz ən çox şey Freesurfer səthində SPM nəticələrini göstərməkdir. Mən kömək etmək istərdim, amma bu, çox vaxt apara bilər.

Bu şərh müəllif tərəfindən silinib.

Layihəmiz üçün hansı yanaşmanı (məs: proqram təminatı və alətlər) seçəcəyiniz barədə rəyinizi ala bilərəmmi?

Biz bir sıra mövzularda entorinal korteksin təhlilini aparmağa çalışırıq. Rəng axtarışı cədvəlindən istifadə edərək ROI-ləri çıxarmaq üçün FreeSurfer-in istifadəsi ilə tanışıq. Bununla birlikdə, mənim PI SPM (və tətbiq olunarsa Marsbar) ilə oxşar bir yanaşma aparmaq istəyir. Biz subyektlərimizin ilkin PET skanını SPM8 daxilində vMRI-yə birgə qeydiyyata aldıq. SPM -də ROI yaratmaq üçün istifadə olunan texnika ilə tanış olmadığımız üçün FreeSurfer -də ROI çıxarmaq və sadəcə SPM -ə idxal etmək mümkün ola biləcəyini düşündük. Təəssüf ki, heç bir uğur yoxdur. Qrupumuz, mümkünsə ROI -ni əl ilə çəkməkdən uzaq durmağı üstün tutur.

SPM istifadə etsəniz, hansı yanaşmanı seçərdiniz? Daha doğrusu, bunu düzgün analiz üçün qurmağın ən yaxşı yolu nə olardı?

Hansı analizi etməyə çalışırsınız? Bu voksel əsaslı morfometriya analizidir, yoxsa siz ROI-dən statistika çıxarırsınız?

Bunu indiana.edu ajahn (at) vasitəsilə əldə edə biləcəyim e-poçt vasitəsilə etmək daha asan ola bilər

Hey, əlifbada cəmi 25 hərf olduğu üçün 25-dən çox roi birləşdirməyin bir yolu varmı :/

Bu vəziyyətdə, 3dcalc -ni bir neçə dəfə istifadə etməli və hər bir icra nəticələrini birləşdirə bilərsiniz.

Tək ROI və ya ROIS birləşməsindən daha çox ümumi qlobal dəyər əldə etmək üçün Marsbar-dan necə istifadə edəcəyinizi bilirsinizmi?

MarsBar istifadə edərək ROI -lərin necə birləşdiriləcəyini nümayiş etdirdiyiniz üçün təşəkkür edirik. Mən iki ROI-ni tək birində birləşdirmək istərdim (sol və sağ yarımkürə üçün ayrıca təsvirə sahib olmaq əvəzinə, həm sol, həm də sağ tərəfləri çəkmək üçün tək ROI-ni bəyənirəm). Videonuzda görürəm ki, siz ROI-lərinizi birləşdirmək üçün (+) funksiyasından (r1 + r2) istifadə etdiniz, lakin başqa yerdə gördüm ki, funksiya r1 | əvəzinə r2 istifadə edilməlidir. Bu məni bir az çaşqınlıq yaradır. Onların necə fərqləndiyini aydınlaşdıra bilərsinizmi?

İstifadə etdiyim funksiya (r1 + r2) ROI-lər üst-üstə düşmürsə işləyəcək, əgər üst-üstə düşürsə, o zaman həmin üst-üstə düşən bölgədəki voksellər 1 əvəzinə 2 dəyərinə sahib olacaq. Əgər sadəcə birləşmə olan maska ​​istəyirsinizsə iki maskadan (yəni, üst-üstə düşən bölgənin də 1 dəyəri olacaq), sonra (r1 || r2) ifadəsi bunu edəcək.

İki maska ​​arasında yalnız üst -üstə düşən voksellərdən bir maska ​​yaratmağın bir yolu varmı? Bütün faydalı yazılarınız üçün təşəkkür edirik!


Nümunə Məlumat

Məlumatlar gizli və açıq yaddaş testlərində üz təkrarlama effektləri ilə bağlı araşdırmadan əldə edilmişdir (Henson et al. 2002 yuxarıya bax).

Bu araşdırmada on iki könüllü (22-42 yaşlarında altı kişi, median 29 yaş) təcrübəyə qatıldı. Məşhur və məşhur olmayan şəxslərin üzləri subyektlərə 500 ms müddətində təqdim edildi və interstimul intervalı boyunca oval dama taxtasının əsas xətti ilə əvəz olundu. Təcrübə zamanı hər bir mövzu tarandı və fMRI görüntüləri əldə edildi.

Hər bir subyektin məlumatları təhlil edilərək, üzlər və chequerboad (başlanğıc) izləmələr arasında fərq yaratdı. Beləliklə, buradakı hər bir şəkil hər bir mövzu üçün kontrastlı təsvirdir.

Sıfır fərziyyə altında biz maraqların təsirlərinin etiketlərini dəyişdirə bilərik. Bunu kontrast şəkillərlə tətbiq etməyin bir yolu, hər bir subyektin kontrastının işarəsini təsadüfi olaraq dəyişdirməkdir. Bu işarəni çevirən yanaşma sıfır hipotezi altında hər bir vokselin məlumatları üçün simmetrik bir paylanma ilə əsaslandırıla bilər. Simmetriya güclü bir fərziyyə kimi səslənsə də, Normallıqdan daha zəifdir və eyni (ixtiyari) paylanma ilə iki nümunə vasitəsinin çıxılması ilə əsaslandırıla bilər.

Beləliklə, burada sıfır fərziyyə belədir:
H0: Subyektlərin kontrast şəkillərinin simmetrik paylanması (voksel qiymətləri) sıfır orta dəyərə malikdir.


Mücərrəd

Arxa plan və məqsəd

Üz xüsusiyyətləri potensial olaraq struktur maqnit rezonans görüntülərindən yenidən qurula bilər və bununla da tədqiqat iştirakçılarının məxfiliyinə xələl gətirir. Tədqiqat iştirakçılarının məxfiliyini təmin etmək üçün MRT görüntülərinə defacing üsulları tətbiq edilə bilər. Bu üsullar üz cizgilərini aradan qaldırır və bununla da təsviri tanınmaz hala gətirir. Çox güman ki, deformasiya beynin kəmiyyət qiymətləndirmələrinə heç bir təsir göstərməyəcək. Bu araşdırmada biz müxtəlif depressiya üsullarının keyfiyyət və həcmli qiymətləndirmələrə təsirini qiymətləndirdik.

Materiallar və metodlar

Biz 30 T1 ölçülü şəkillərdə SPM-, Freesurfer-, pydeface və FSL əsaslı defisasiya etdik. Keyfiyyət ölçmələrində (MRIQC-dən) və həcmlərdə (SPM, CAT və Freesurfer-dən) dəyişikliyi statistik olaraq pozulmamış və pozulmuş şəkillər arasında müqayisə etdik. Həm də hər bir toxuma sinifinin Zar əmsalını təmizlənməmiş və zədələnməmiş şəkillər arasında hesabladıq.

Nəticələr

Demək olar ki, bütün keyfiyyət ölçüləri və toxuma həcmi, istifadə edilən metoddan asılı olmayaraq, təmizləndikdən sonra dəyişdi. Bütün toxuma həcmləri CAT üçün qüsurdan sonra azaldı, lakin SPM və Freesurfer üçün belə ardıcıl bir tendensiya görünmədi. Zər əmsalları seqmentasiyaların nisbətən möhkəm olduğunu göstərdi, lakin qismən həcmlər təsirlənə bilər və bu da həcmli təxminlərin dəyişməsinə səbəb ola bilər.

Nəticə

Bu araşdırmada, həcmlərin və keyfiyyət ölçmələrinin defasasiya üsulları ilə fərqli təsirləndiyini göstərdik. Çox güman ki, bu, eksperimentlərin təkrarlanmasına əhəmiyyətli təsir göstərəcək. Biz nəticə ölçmələrinə defisasiyanın təsirini minimuma endirmək yollarına dair təkliflər veririk. Nəticələrimiz təsvirin işlənməsinin müxtəlif mərhələlərində pozulmuş şəkillərin etibarlı şəkildə idarə edilməsinə ehtiyac olduğunu təsdiqləyir.


Şəkil təhlili üçün proqram

Slicer vizuallaşdırma və tibbi təsvirin hesablanması üçün çox platformalı proqram paketidir. Dilimləyici tibbi şəkillərdə yenidən nümunə götürmək, baxmaq, izləmək və ölçmə aparmaqda standarta çevrilir. İstifadə üçün pulsuz olan Slicer-in böyük üstünlüklərindən biri tədqiqatçının ehtiyaclarına diqqət yetirmək üçün xüsusi skript əlavə etmək bacarığıdır.

Struktur görüntü analizimiz üçün əsas proqram. Şəkillərə yenidən nümunə götürmək, onlara baxmaq, izləmək və ölçmələr aparmaq üçün yüksək zərif istifadəçi interfeysi təqdim edir. Toxumaların təsnifatını, avtomatlaşdırılmış strukturun müəyyənləşdirilməsini və səthin yaradılmasını həyata keçirir. PET və fMRI təhlili üçün statistik metodlar birləşdirilir. İnkişaf davam edir və ITK konsorsiumu ilə mövcud əməkdaşlıq proqram təminatımızı bir çox yeni funksiyalarla tamamlayır və təkmilləşdirir.

Kortikal səth təmsillərini yaratmaq və manipulyasiya etmək üçün paket. Kortikal səthin sferik və ya düz xəritələrini yaratmaq üçün Brains2 proqramımızı FreeSurfer formatları ilə birləşdirmə qabiliyyətini inkişaf etdirdik. Bu səthlərin kortikal atlasda birləşdirilməsi beyin qabığının yüksək spesifik parselasiyasını avtomatlaşdırmaq imkanı verir. FreeSurfer ilə yaradılan səthlər, həmçinin kortikal səthə funksional görüntüləmə nəticələrinin xəritələşdirilməsi üçün AFNI-də istifadə edilə bilər.

Funksional şəkilləri emal etmək, təhlil etmək və göstərmək üçün proqram təminatı. Onların müxtəlif vəziyyətlərdə bir-birindən üstün cəhətləri var. Aşağıdakı funksiyalar həm AFNI, həm də SPM-də mövcuddur:

Şəkil təhlili üçün proqram

2D və 3D qeydiyyatı (hərəkət korreksiyası)

Müvəqqəti və məkan domeninin hamarlanması

3D+zaman seriyasının xətti və qeyri-xətti reqressiyası

ANOVA 3D məlumat dəstləri toplusunu sınaqdan keçirir

Voksel statistikasının hesablanması

Aktivləşdirmə xəritələrinin hesablanması və rəng örtüyü

Oracle və PostgreSQL

Əlaqəli verilənlər bazaları. Struktur görüntüləmə ölçmələrinə, mövzu demoqrafik məlumatlarına və klinik qiymətləndirmələrin və koqnitiv və nöropsikoloji testlərin nəticələrinə çıxışı təmin etmək üçün veb-aktiv sorğu sistemi ilə həyata keçirilir.

GoToMeeting/Lync

INC veb-konfrans və onlayn görüş proqramı olan GoToMeeting ilə hesab satın alıb. Bu, bizə dünyada istənilən şəxslə görüşməyə imkan verir. Yığıncaqlar böyük və ya kiçik qruplarda, hətta bir ofisdə də ola bilər. Ayova Universitetində və ondan kənarda insanlarla video əməkdaşlıq etməyə imkan verən Lync-ə də çıxışımız var.

Xcode, OS X və iOS sistemləri üçün proqram təminatı hazırlamaq üçün Apple tərəfindən hazırlanmış bir proqram inkişaf etdirmə vasitələri paketini ehtiva edən inteqrasiya olunmuş inkişaf mühitidir. Xcode mənbə kodu yaratmaq, sazlama proqramları və istifadəçi interfeyslərinin dizaynı üçün lazım olan bütün alətləri birləşdirərək ən yeni Apple texnologiyalarından faydalanır.

Matlab ədədi hesablama, vizuallaşdırma və proqramlaşdırma üçün yüksək səviyyəli dil və interaktiv mühitdir. MATLAB istifadəçilərə məlumatları təhlil etməyə, alqoritmlər hazırlamağa, modellər və tətbiqlər yaratmağa imkan verir.

Osirix/DicomRemap

OsiriX DICOM şəkillərinə həsr olunmuş Mac üçün təsvir emal proqramıdır. OsiriX xüsusi olaraq multimodallıq və çoxölçülü şəkillərin naviqasiyası və vizuallaşdırılması üçün nəzərdə tutulmuşdur: 2D, 3D, 4D və 5D izləyiciləri.

İstifadəçilərə sadə verilənlər bazasında səhv hesabatları yaratmağa və dəyişdirməyə imkan verən veb interfeysi və səhv izləmə paketi. Bu, hər hansı bir saytdakı istifadəçilərdən tərtibatçılarımıza əla rəy verir.

Layihə və məlumat mübadiləsi və izləmə üçün istifadə olunan veb əsaslı wiki proqramı.

PET analizi

Worsley və başqalarının üsulları vasitəsilə qrupdaxili təhlil də daxil olmaqla, PET məlumatlarının bir çox növlərinin təhlili üçün imkanlar təmin edən proqramlar toplusu. (Monreal metodu), voxelwise korrelyasiya təhlili və randomizə təhlili. Nəticələri asanlıqla nəzərdən keçirmək üçün inkişaf etmiş bir görüntü izləyicisi var.


  1. TextDisplay Xoş gəlmisiniz obyektinə yeni cihaz əlavə edin və “Siçan” seçin. Defolt olaraq seçilmiş İcazə verilən cavabları qeyd edin. İndi sınağı keçirin və ekranda sol klikləməklə slaydı irəliləyə biləcəyinizə baxın.
  2. Diqqət yetirin ki, Stroop slaydı üçün Məlumat Qeydləri, bunun standart olaraq qurulub qurulmayacağını soruşacaq. Defolt parametrləri seçdiyiniz zaman “Giriş” nişanında nə görürsünüz? Biz bunu sonrakı dərslikdə nəzərdən keçirəcəyik, lakin hələlik yazıla biləcək bəzi atributlara baxın və təcrübəniz üçün hansı atributların faydalı ola biləcəyini düşünün.
  3. Hər biri Fiksasiya obyekti ilə ayrılmış iki yeni Stroop obyekti yaradın. (Unutmayın ki, siz obyektlərin üzərinə sağ klikləməklə, Kopyala, sonra isə sağ klikləyib Yapışdırmaq seçimi ilə obyektləri kopyalayıb yapışdıra bilərsiniz.) Hər bir Stroop obyektini uyğun və ya uyğun olmayan söz və rəngin fərqli kombinasiyası edin və sonra təcrübə.

Yuxarıda göstərilən bütün addımların E-Prime-da necə həyata keçirildiyini görmək üçün bu videoya baxın.


1) Doğma məkanda atlaslar necə yaradılır?

Səthlər yerli məkanda yaradılır (surf/[lr]h.central.subjid.gii) və qeydə alınmış sferalar (surf/[lr]h.sphere.reg.subjid.gii) vasitəsilə fsaverage məkanına qeydə alınır.
Atlaslar CAT12 quraşdırma qovluğunda (spm12/toolbox/cat12/atlases_surfaces/*.annot) mövcuddur, lakin yalnız CAT tərəfindən yaradılan fərdi səthlərlə nöqtədən-nöqtəyə uyğun gəlməyən fsaverage səthlərində mövcuddur.

Annotasiya atlas fayllarının fsaverage boşluqdan doğma məkana çevrilməsi çox sadə olmayacaq. Mən hələ bunu hazırlamamışam, çünki ikili atlas məlumatı ilə interpolyasiya problemlərindən qaçmaq üçün hər bir bölgəni ayrıca çevirib interpolyasiya etməlisiniz.

Sizcə, bunun həyata keçirilməsi nə qədər mürəkkəb olardı?


  • Verilənlər bazası tədqiqatçısının anatomiya tərəfinə keçin.
  • Yeni mövzu yaradın, defolt anatomiya seçimini "Xeyr, fərdi anatomiyadan istifadə edin" olaraq təyin edin.
  • Bu mövzu üçün T1 MRT-ni idxal edin.

MRT-yə sağ klikləyin > MRT seqmentasiyası > CAT12. İki seçim interaktiv şəkildə seçilə bilər: korteks səthindəki son təpələrin sayı və əlavə həcm parselasyonlarının hesablanması.

Alternativ olaraq, prosesi istifadə edin: SPM12/CAT12 ilə anatomiya və gt Seqment MRT idxal edin.

Hesabat CAT tərəfindən göstərilir və tmp/cat12/report-da şəkil və PDF faylı kimi saxlanılır.